台湾澎湖渔船“大进满88号”遭中国大陆海警登船检查扣押，台湾国安局长蔡明彦认为是比较不寻常的案例。他重申台湾政府会捍卫渔民合法作业权利，也提醒渔民进入敏感水域要提高警觉，须遵守“相关国家”规定。
蔡明彦星期四（7月4日）赴立法院外交及国防委员会报告并备询前分析说，除了大陆认为该艘渔船可能违反渔事法规外，“到底有没有要透过渔船扣押及后续可能的行政裁罚，展现中共对台海的管辖权，并借此弱化台湾政府主权地位或对政府施压，要再看后续有没有认知作战等，再做完整分析评估”。
澎湖渔船“大进满88号”星期二（7月2日）晚间于金门东北外海作业，遭大陆海警船登检押回福建围头港。大陆海警局表示，该船违反伏季休渔规定，在底拖网禁渔区线内违规拖网作业，且使用的网具远小于国家规定的最小网目尺寸，破坏海洋渔业资源和生态环境。
两岸官方沟通管道自2016年民进党政府上台中断迄今，“大进满88号”洪姓船长家属委托澎湖两岸交流协会与大陆协商。
澎湖区渔会不满两岸政治紧张牺牲渔民生计与生命安全，要求台湾政府拿出对策。执政的民进党籍澎湖县立委杨曜，指责海巡署跟农业部渔业署对渔民作业区域是否越界有两套看法，并谴责行政院罔顾渔民生命安全。渔民不知台湾海峡安全的渔捞作业范围，是“大进满88号”被扣押主因。
大陆委员会主任委员邱垂正星期四亲自主持例行记者会表示，为保护台湾渔民安全与权益，海巡署和渔业署都呼吁台湾渔民，避免进入大陆休渔期间的水域进行高风险水域捕捞。
他说，按过往经验，台湾渔船若越界捕捞被大陆扣押，后续有既定作业程序，希望各界莫做不必要的“预言式推理”，增加家属心理负担。台湾政府会尽最大努力，透过各种管道，让相关人员尽速平安归来。
台湾大学政治系教授张登及接受《联合早报》采访时指出，台湾过去经常说大陆船只进入台湾的“禁限制水域“，很少说台湾船只进入大陆“领海”；此次称澎湖船只进入大陆领海，值得特别关注。
他说：在这个事件上，“表面上看台湾的姿态比较低，但实际上是藉由我们承认对方的领海主权管辖，同时也在主张，除了外岛之外，我们也有我们领海的主权管辖，所以它还是两个主权、两个国家逻辑的延伸‥，此事不仅要观察所谓‘灰色地带’斗争或双方互相扣押对方人员问题，还有金门等外岛跟双方的领海主权管辖要如何定位的问题” 。
张登及认为，前些日子大陆又有所谓“三无”船只被台湾扣押在金门，2月撞船事件尚未解决，这都有连带影响。若事情轻微，大陆可能从轻裁罚，透过红十字会或渔会带人船回来。但也有可能类似2021年大陆商人向心夫妇涉嫌间谍事件或是大陆人直水闯淡水河口事件，必须仔细审查除了从事渔业行为还有没有别的行为，可能会拖很久，后续发展目前无从判断。
中华亚太菁英交流协会秘书长王智盛认为，2003年、2005年和2007年台湾各有因伏季休渔被扣留案例，当时台船被扣两天，付完罚金就回台。
但他也认为，现今两岸氛围要回到过去两岸共同打击犯罪的机制是有困难的，可以先从民间接触，后续再由海基会来接手。
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