针对台湾渔船被中国大陆海警登检扣押，台湾国家安全局长蔡明彦说，这确实是较不寻常的案例，并称会分析大陆是否要借此及后续可能的行政裁罚，展现其对台海的管辖权、弱化台湾政府的主权地位或进行施压。
台湾渔船“大进满88号”星期二（7月2日）晚于金门外海作业，被大陆海警船登检押回福建晋江。大陆海警局星期三（7月3日）通报称，福建海警星期二在泉州近海依法登检查扣一艘涉嫌非法捕捞的台湾渔船。该船违反伏季休渔规定，在底拖网禁渔区线内违规拖网作业，且使用的网具远小于国家规定的最小网目尺寸，破坏了海洋渔业资源和生态环境。
综合中央广播电台网、《自由时报》和《联合报》报道，蔡明彦星期四（7月4日）前往台湾立法院外交及国防委员会进行专题报告并备质询。蔡明彦在会前就大陆海警登检扣押“大进满88号”的可能动因向媒体说，这确实是个较不寻常的案例。他指出，国安局会从两个层面分析此事，除了在法律面上，是否如大陆官方所说，该渔船涉及违反当地渔事法规；同时会分析大陆是否有政治考量及操作认知战。
蔡明彦说：“到底有没有要透过这样的一个渔事的扣押，还有可能后续的行政裁罚来展现中共对台海的管辖权，以及藉由这个事件来弱化政府的主权地位，或是对政府来进行施压。我们会做个完整的分析，再来评估中共实际的动因是什么。”
蔡明彦进一步说，政府的立场是全力捍卫及维护渔民在海上合法渔事作业的权利，并呼吁渔民若进入较敏感的水域，还是要提高警觉，注意安全，特别要尊重相关法令规定。他希望两岸在处理类似案例的过程中，还是要累积互信、堆叠善意，让双方关系与互动可以朝向较良性、正面的方向发展。
另一方面，蔡明彦也谈及大陆官媒新华社记者“监制”台湾政论节目的事件。他说，针对此个案有接获各种不同的情资，已经将相关资讯交给有关单位进行查办，并称调查局已经立案进行侦办。
新华社驻台记者赵博早前被爆盯梢台湾某政论节目，并要求节目主题须符合台办要求，以达“以台制台”效果。
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